Cy3-伯胺的水溶性较低,所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂,常用有机溶剂包括DMF,DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感,可选择磺化花青素(sulfonated cyanine),即磺化-Cy3-伯胺。两者的光谱性质几乎一致,因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于:磺化染料是水溶性的,在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂,并且降低染料在水中聚集的可能性,增强标记效率。
 
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm-561nm的激光束激发然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽等，它最常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）
中文名：花青素Cy3-氨基
CAS：2247688-56-6
外观: red powder 
分子量: 627.73 
分子式: C36H52Cl2N4O 
溶解性: moderate solubility in water, good in polar organic solvents (DMF, DMSO, alcohols) 
质量控制: NMR 1H, HPLC-MS (95%) 
储存条件: Storage: 24 months after receival at -20°C in the dark. Transportation: at room temperature for up to 3 weeks. Avoid prolonged exposure to light. Desiccate. 
结构式：
 
Sulfo-Cyanine3 azide
Sulfo-Cyanine3 carboxylic acid
Sulfo-Cyanine3 COOH
Sulfo-Cyanine5 ALK
Sulfo-Cyanine3 N3
Sulfo-Cyanine3 NH2
Sulfo-Cyanine3 NHS
Sulfo-Cyanine3 NHS ester
Sulfo-Cyanine3 SH
Sulfo-Cyanine3 Thiol
Sulfo-Cy3 羧酸
Sulfo-Cyanine5 amine
Sulfo-Cyanine5 azide
Sulfo-Cyanine5 carboxylic acid
Sulfo-Cyanine5 COOH
Sulfo-Cyanine5 hydrazide
Sulfo-Cyanine5 HZ
Sulfo-Cyanine5 MAL
Sulfo-Cyanine5 maleimide
Sulfo-Cyanine5 N3
Sulfo-Cyanine5 NH2
Sulfo-Cyanine5 NHS
Sulfo-Cyanine5 alkyne
Sulfo-Cyanine3 HZ